O P. José Alves Martins nasceu a 17 de julho de 1941 em São Romão de Neiva, Viana do Castelo. Entrou para a Companhia de Jesus no Noviciado de Soutelo, em Braga, em 1958 e estava em Timor-Leste como missionário desde 1974. Chegou um ano antes da ocupação indonésia do território e nunca mais saiu, mantendo-se sempre ao lado da população local nos seus momentos mais difíceis.

Fez os estudos secundários na Escola Apostólica de Macieira de Cambra de 1953 a 1958 e entrou na Companhia de Jesus no dia 07 de Setembro de 1958, na Casa da Torre, Soutelo, Vila Verde. Depois do Noviciado estudou Humanidades e em 1963 foi para a Faculdade de Filosofia de Braga, onde se licenciou em Filosofia, em 1966. Fez a etapa do Magistério (estágio apostólico) no Colégio da Imaculada Conceição, Cernache, Coimbra, onde foi Prefeito e Professos durante três anos.

Em 1969 ingressou na Faculdade de Teologia da Universidade Católica, em Lisboa, onde fez o primeiro ano de Teologia. Foi para Roma em 1970 e licenciou-se em Teologia Espiritual na Universidade Gregoriana, em 1974. Foi ordenado Sacerdote no dia 09 de Julho de 1972, na Apúlia, Esposende, Braga. Foi destinado, como missionário, a Timor Leste, para onde partiu no dia 17 de Setembro de 1974.

Começou por ser Professor e Diretor Espiritual no Seminário Diocesano, em Díli. No dia 07 de Dezembro de 1975 o Seminário foi bombardeado pela aviação indonésia. Conseguiu escapar com ferimentos ligeiros, mas viu a morte muito perto. Refugiou-se com outros companheiros numa colina perto do Seminário e tiveram que abrir buracos para se defenderem dos morteiros. Foi viver para Díli que ia regressando à normalidade. Em 1978 reabriu o Seminário perto de Díli.

Fez a Terceira Provação (etapa conclusiva da formação dos jesuítas) em Roma de 1 de janeiro de 1985 a 17 de Maio. Fez os últimos votos no dia 22 de abril de 1986, em Díli. Exerceu o cargo de Reitor do Seminário de 1985 a 1991. Exerceu diversos cargos a nível diocesano. Foi diretor da Casa de Exercícios de Dare e orientador de Exercícios Espirituais. Em 2000 foi nomeado Superior da residência Loyola, Taibessi (Díli) e Conselheiro do Faleceu o Pe. José Alves Martins sj, missionário em Timor e natural de São Romão do Neiva Bispo de Díli. Foi Coordenador da formação permanente do Clero e presidente da Santa Casa da Misericórdia.

Apesar da saúde abalada, por tantas tribulações que passou, continuava a trabalhar com muita dedicação. Vinha, por vezes, a Portugal para tratamentos médicos. Em outubro de 2020, escreveu um testemunho sobre a sua ação missionária em Timor partilhada com o P. João Felgueiras, sj que completou 100 anos em junho de 2020.

A 9 de junho de 2004 foi condecorado pelo Presidente Jorge Sampaio com o Grau de comendador da Ordem de Mérito. A 11 de maio de 2016 foi condecorado pelo Presidente da República de Timor Leste Taur Matan Ruak com a Medalha de Mérito. A 27 de março de 2019 foi-lhe atribuída pelo Papa Francisco a medalha Pro Ecclesia et Pontifica como reconhecimento pela sua ação apostólica em Timor. Recebeu essa medalha das mãos do Bispo de Díli, na presença do secretário da Nunciatura Apostólica.